בין הגורמים הנפוצים להפלות חוזרות :
הגורם האנטומי –
מבנה לא תקין של חלל הרחם, מה שיכול לפגוע בהשרשת העובר ולהביא להפלה. המדובר בעיקר במומים מבניים ברחם שיכולים להיות מולדים או נרכשים.
מומים מולדים יכולים להיות חלל רחם לא תקין עקב התפתחות לא תקינה של מערכת הרבייה באישה.
מומים נרכשים יכולים להיות הידבקויות תוך רחמיות לאחר גרידה או ניתוח להוצאת שרירן, שרירנים ו/או פוליפים ברחם.
רוב ההפלות עקב מומים אלו הן בשליש השני. במקרים של מחיצה ברחם, היכולה להיות מולדת או נרכשת, השרשת העובר אינה מספיק טובה ולעיתים מסתיימת בהפלה טבעית בשליש הראשון או השני.
במצב כזה יכולות להתרחש הפלות של עוברים תקינים גנטית בגלל שהבעיה היא אצל האם. יש לבצע היסטרוסקופיה אבחנתית, כדי לאבחן חריגות בתוך הרחם. המדובר בהליך פשוט אשר בו סיב אופטי מוחדר לרחם ומצלם את חלל הרחם.
הטיפול במומי הרחם הוא לרוב כירורגי.

הגורם החיסוני ומחלות חיסון עצמי-
קבוצה של מחלות שבהן מערכת החיסון מזהה רקמה בריאה כגורם זר ללא נוכחות של גורם זר כחיידק או נגיף. כתוצאה מכך נוצרים נוגדנים בדם האם נגד מרכיבים עצמיים. או במילים אחרות, לאם יש נוגדנים נגד עצמה אשר עלולים להוביל להיווצרות קרישי דם בכלי הדם של השליה ולפגיעה באספקת הדם לעובר.
הדבר בדרך כלל גורם להפלות בשלב מוקדם של ההיריון. מטופלות אשר מאובחנות כבעלות התנגדות של המערכת החיסונית וחוות הפלות של עוברים תקינים, יחוסנו באמצעות מתן תרופה הידועה בשם "אימונוגלובין" אשר מכילה נוגדנים מרוכזים הנחוצים למטופלת.
תסמונת APLA נקראית תסמונת הנוגדנים נגד פוספוליפידים היא תסמונת הבאה לידי ביטוי בעיקר בקרישיות יתר של הדם, אירועים של פקקת והפלות חוזרות. תסמונת זו מופיעה לעתים במקביל למחלה אוטואימונית הנקראת זאבת אדמנתית מערכתית.
במקרה של הפלות חוזרות, יש לתת תרופות נגד קרישה כמו למשל הפרין או קלקסן בהיריון הבא.
קרישיות יתר-
הפלות חוזרות אצל נשים עלולות לנבוע גם כתוצאה מקרישיות יתר, אשר עלולה לגרום להפלה בשלבים מאוחרים יחסית של ההיריון.
קרישיות יתר של הדם היא מצב של פגיעה במנגנון קרישת הדם: הדם נקרש בקלות יתר או יתר על המידה.
במשך שנים רבות היה ידוע כי קיימים נוגדנים חריגים (אנטיפוספוליפידים) המסוגלים לתקוף את השיליה ולגרום לדם להיקרש בכלי הדם שמספקים דם, חמצן ומזון לעובר. במצב כזה העובר לא יקבל את כמות הדם הדרושה לו, וכתוצאה לא יתפתח בצורה תקינה או שימות. לאחרונה אף התגלה כי קיימים גם מצבים גנטיים של קרישיות יתר, בהם הדם נקרש מבלי שהנוגדנים גרמו לכך.
קרישת יתר של הדם ניתנת לאבחון ולטיפול יעיל. ניתן להשתמש בנוגדי קרישה שמטרתם למנוע מהדם להיקרש ובכך להבטיח את המשך אספקת הדם לעובר.

הגורם ההורמונלי-
- הפרשה נמוכה של פרוגסטרון הנחוץ לתמיכה בהריון המתפתח בשבועות הראשונים להריון ועד לתחילת ייצורו על ידי השליה.
- הפרשת יתר של הורמון החלב (פרולקטין)- תפקידו העיקרי של הורמון זה היא גירוי יצור החלב בשד האם לאחר הלידה. להורמון גם השפעה על ההפרשה התקינה של ההורמונים שאחראים לביוץ בשחלה. הפרשת יתר של הורמון החלב גורמת לעיתים קרובות לאי פריון והפרעה בביוץ.
- פעילות יתר או תת פעילות של בלוטת התריס – תירואיד.
- נשים הסובלות מסוכרת, בעיקר אלו שבהן המחלה אינה מאוזנת היטב.
ניתן לטפל בנשים בתרופות להורדת רמת הפרולקטין, לאיזון הסוכרת או להעלאת רמת
הפרוגסטרון. קרישיות יתר מטופלת אף היא תרופתית, באמצעות נוגדי קרישה.

אי ספיקת צוואר הרחם-
המדובר בנשים אשר סובלות מהפלות חוזרות מאוחרות (בשליש השני להריון) וגם נשים עם לידות מוקדמות.
לרוב, אי ספיקת צוואר הרחם היא תוצאה של הרחבת צוואר הרחם לצורך סיוע בלידה או ביצוע גרידה. בתהליך הגרידה יש צורך בהרחבת הצוואר לשם ריקון הרחם. לפעמים, גם טראומה, נזק או פעולות כירורגיות אחרות בצוואר הרחם עלולות לגרום להתפתחות אי ספיקת צוואר הרחם בהריון.
נשים שמאובחנות כסובלות מאי ספיקת צוואר הרחם, יכולות לנסות ולמנוע את הישנות ההפלה על ידי השמת תפר צווארי מניעתי בשבועות 15-13 להריון.

בנוסף, סיבות נוספות להפלות חוזרות-
חשוב גילה של האישה, מחלות הרקע של האישה, הגורם הזיהומי, מספר ההפלות שעברה, השמנת יתר ועמידות לאינסולין, חוסר בוויטמין D , עישון, צריכת אלכוהול מופרזת, סמים, צריכה מופרזת של קפאין וכן דיכאון וחרדה.